Lo studio dei batteri in laboratorio si fonda su alcuni strumenti fondamentali:

• i terreni di coltura usati per isolare e conservare le linee cellulari pure;
• colorazioni generiche e specifiche, da osservare al microscopio ottico (in genere);
• colorazioni con anticorpi specifici marcati, da osservare al microscopio a fluorescenza;
• test biochimici;
• prove sierologiche.

Le colture di microorganismi sono usate per determinare il tipo di organismi e/o l’abbondanza nel campione in esame. Si tratta di uno dei metodi diagnostici primari in microbiologia ed è usato per determinare la causa delle malattie infettive lasciando l’agente patogeno moltiplicarsi in un mezzo predeterminato. In senso più generale, il termine coltura è utilizzato informalmente per riferirsi ad una “crescita selettiva” di uno specifico tipo di microorganismi in laboratorio.

Il tampone è un esame diagnostico finalizzato alla ricerca di microrganismi responsabili di infezioni.